Peder giftet seg med Margrethe Nielsdatter Randulf 15 Sep 1683. Margrethe (datter av Niels Enevoldsen Randulf og Mette Pedersdatter) ble født cirka 1662 , Bergen, Hordaland, Norway; døde 1735, Eid, Sogn og Fjordane, Norway; ble begravet 16 Feb 1735, Eid, Sogn og Fjordane, Norway. [Gruppeskjema] [Familiediagram]

1. Nils Pedersen Harboe ble født cirka 1685.
2. Bente Pedersdatter Harboe ble født cirka 1687.
3. Gjertrud Pedersdatter Harboe ble født cirka 1690.
4. Claus Pedersen Harboe ble født cirka 1692.
5. Peder Pedersen Harboe ble født cirka 1694; døde 29 Jan 1733, Tingvoll, Møre og Romsdal, Norway.
6. Dorothea Cathrine Pedersdatter Harboe ble født cirka 1695; døde 1 Jan 1743, Viborg, Midtjylland, Denmark.
7. Else Pedersdatter Harboe ble født cirka 1696.
8. Johannes Pedersen Harboe ble født cirka 1697; døde cirka 1739.
9. Benjamin Pedersen Harboe ble født cirka 1700.
10. Margrethe Pedersdatter Harboe ble født cirka 1702.
11. Mette Susanne Pedersdatter Harboe ble født cirka 1703; døde 14 Feb 1737.